Η διοίκηση κάθε πανεπιστημιακού τμήματος ασκείται από τη Συνέλευση, το Διοικητικό Συμβούλιο και τον Πρόεδρο. Τα ανωτέρω Όργανα Διοίκησης του Τμήματος συνεπικουρούνται στην οργάνωση των διαδικασιών λήψης και εκτέλεσης των αποφάσεων από τη Γραμματεία.

• Η  Συνέλευση, που είναι το ανώτατο διοικητικό όργανο του Τμήματος, συγκροτείται από τα μέλη ΔΕΠ, έναν εκπρόσωπο των Ε.Τ.Ε.Π. και τους εκλεγμένους εκπροσώπους των φοιτητών. Στη Συνέλευση προεδρεύει ο Πρόεδρος του Τμήματος που εκλέγεται με διετή θητεία.
• Για θέματα που άπτονται του γνωστικού τους αντικειμένου επιλαμβάνονται οι Τομείς, οι οποίοι εισηγούνται σχετικά στα όργανα του τμήματος. Όργανα του Τομέα είναι η Γενική Συνέλευση και ο Διευθυντής. Στο Τμήμα Μαθηματικών λειτουργούν τέσσερις Τομείς: (i) Εφαρμοσμένης Ανάλυσης, (ii) Θεωρητικών Μαθηματικών, (iii) Στατιστικής - Θεωρίας Πιθανοτήτων και Επιχειρησιακής Έρευνας, (iv) Υπολογιστικών Μαθηματικών και Πληροφορικής.
• Ενα άλλο ολιγομελές διοικητικό όργανο  είναι το Διοικητικό Συμβούλιο του Τμήματος που απαρτίζεται από τον Πρόεδρο, τον Αναπληρωτή Πρόεδρο, τους Διευθυντές των Τομέων και έναν εκπρόσωπο των Ε.Τ.Ε.Π. 

Διοίκηση
Για το τρέχον ακαδημαϊκό έτος οι επικεφαλής των Οργάνων Διοίκησης του Τμήματος Μαθηματικών είναι:

Πρόεδρος Τμήματος:
Αναπληρωτής Πρόεδρος Τμήματος: 
Προϊσταμένη Γραμματείας: Πολυχρονάκη Ευτυχία.

Διατελέσαντες Πρόεδροι του Τμήματος Μαθηματικών