Το Πανεπιστήμιο αποτελείται από Σχολές που καλύπτουν ένα σύνολο συγγενών επιστημών. Κάθε Σχολή διαιρείται σε Τμήματα. Το Τμήμα αποτελεί τη βασική λειτουργική ακαδημαϊκή μονάδα και καλύπτει το γνωστικό αντικείμενο μιας επιστήμης. Το πρόγραμμα σπουδών του Τμήματος οδηγεί σε ένα ενιαίο πτυχίο. Το Τμήμα Μαθηματικών, μαζί με τα Τμήματα Βιολογίας, Γεωλογίας, Επιστήμης των Υλικών, Φυσικής και Χημείας διαμορφώνουν τη Σχολή Θετικών Επιστημών.
Το Τμήμα Μαθηματικών όπως και κάθε τμήμα του Πανεπιστημίου διαιρείται σε Τομείς. Κάθε τομέας συντονίζει τη διδασκαλία μέρους του γνωστικού αντικειμένου του Τμήματος, που αντιστοιχεί σε συγκεκριμένο πεδίο της επιστήμης. Στον Τομέα, ανήκουν Εργαστήρια ή Σπουδαστήρια, που η λειτουργία τους διέπεται από εσωτερικό κανονισμό.
H ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΑ ΤΩΝ ΤΟΜΕΩΝ ΕΧΕΙ ΑΝΑΣΤΑΛΕΙ μέχρις ότου αποκατασταθεί η πλήρωση των προϋποθέσεων που θέτει ο νόμος 4597/2022
Οργανόγραμμα